Planteplankton er mikroskopiske alger, der svæver frit i vandet. De er første led i fødekæden, og nogle arter kan vokse så hurtigt, at antallet bliver fordoblet på en dag eller to.
Planteplanktonet reagerer hurtigt på ændringer i de forhold, der har betydning for væksten så som lys og hvor mange næringsstoffer, der er i vandet. Det høje indhold af fosfor og kvælstof i Vesterborg Sø medfører derfor en høj produktion af planteplankton, især om sommeren.
Miljøstyrelsen undersøger planteplankton 12 gange om året cirka hvert sjette år på det dybeste sted i søen. Her bliver der fra den øvre vandmasse taget prøver for at undersøge mængden og artssammensætningen af planteplankton.
Stabilt planktonsamfund
Planteplankton i Vesterborg Sø er præget af, at søen er lavvandet og næringsrig. Den biologiske mangfoldighed er høj. Miljøstyrelsen observerer omkring 130 forskellige arter af planteplankton i løbet af et typisk år. Miljøstyrelsen har i alt registreret cirka 580 forskellige arter i Vesterborg Sø igennem årene. Især er der mange forskellige arter af grønalger.
Søen er typisk domineret af små runde kiselalger, rekylalger og grønalger i skiftende mængder hele året rundt. En gang imellem er der en opblomstring af blågrønalger om sommeren. I halvfemserne kunne planteplankton blive så tæt, at vandet var uigennemsigtigt som grøn maling. Det er stadig de samme arter, der dominerer søens plankton, men de har ikke den samme voldsomme tæthed, og i dag er der sjældnere og svagere opblomstring af blågrønalger end tidligere.
Kiselalger
I Vesterborg Sø er der mange små runde kiselalger hele året rundt. Hos kiselalger ligger hver celle inde i en hård skal af silicium-salte. Hver skal består af to halvdele, som skilles ad, når den deler sig. Så danner den nye celle en ny halvdel, hvis kant ligger inden for den gamle cellehalvdels kant. Kiselalger kan ikke bevæge sig i vandet, så de har fordel af, at der er omrøring i søen, så de ikke synker mod den mørke bund.
I Vesterborg Sø er der rigtig mange af de små skiveformede encellede alger af slægten Stephanodiscus. Der er også en anden slags kiselalger, slægten Melosira, hvor de cylindriske celler ligger sammen i tråde som perlekæder.
Rekylalger
Det meste af året er der rigtig mange rekylalger af slægten Cryptomonas i Vesterborg Sø. Rekylalger har to svingtråde og kan svømme. De kan også skyde nogle små tråde pludseligt ud af en lomme i cellen, så de med rekyleffekt ryger i den modsatte retning i vandet. På den måde kan de undvige dyreplankton, som vil æde dem. De kan leve af opløst organisk stof i vandet, hvis der er for mørkt til fotosyntese. Rekylalger formerer sig hurtigt, og der er tit mange af dem i lavvandede søer.
Grønalger
Den type grønalger, som giver det meste af farven til Vesterborg Sø, er grønalger uden svingtråde, de coccale grønalger. Coccale grønalger formerer sig ved, at hver modercelle kloner sig selv til firlinger, som ofte ligger sammen, indtil de selv bliver til moderceller. De kan ikke svømme, men har ofte torne og spidse former som beskyttelse mod at blive ædt af dyreplankton. Nogle arter danner kun torne, hvis der er dyreplankton i nærheden, når de deler sig. I Vesterborg Sø er der rigtig mange coccale grønalger af slægten Scenedesmus. En gang imellem er der opblomstringer af den anden type grønalger, som har svingtråde og kan svømme.
Blågrønalger
I Vesterborg Sø har der om sommeren med mellemrum været kortvarige opblomstringer af blågrønalger af slægterne Dolichospermum og Woronichinia. Dolichospermum er tråde af kuglerunde eller lidt aflange celler, der hænger sammen som perlekæder.
Nogle arter har spiralsnoede former. Hos Woronichinia danner cellerne en hul kugle, hvor de sidder helt tæt sammen i overfladen. Blågrønalger overvintrer på bunden af søer og kan danne opblomstringer på kort tid.