Sammenlignet med de øvrige nordiske lande er selv de største danske søer af en beskeden størrelse. Arresø er med et areal på ca. 39,5 km2 Danmarks største sø. De fleste danske søer er lavvandede med en maksimal dybde mindre end 3 m. Men der findes også søer med dybder over 30 meter, med Furesø nord for København (37,7 m), Ravn Sø ved Ry (32,7 m) og Lindholm Kridtgrav (45 m) som de dybeste søer.
De fleste søer er omfattet af vandløbsloven, og det er kommunerne, der er vandløbsmyndighed. Naturlige søer større end 100 m2 er endvidere beskyttet efter naturbeskyttelseslovens § 3, hvilket betyder, at der ikke må ske ændringer i deres tilstand – og her er det også kommunerne, der er myndighed. I tilfælde af, at man f.eks. observerer en konkret forureningshændelse i en sø, skal man derfor tage kontakt til kommunen. Det er Miljøstyrelsens opgave at overvåge tilstanden i søer omfattet af vandområdeplanerne og bidrage til faglige leverancer til statens vandområdeplaner.