Flagermus der har en vis udbredelse i Danmark og/eller er omfattet af habitatdirektivets bilag IV:
Skægflagermus
Latin: Myotis mystacinus
Udbredelse: Findes kun på Bornholm.
Brandts flagermus
Latin: Myotis brandtii
Udbredelse: Almindelig på Bornholm og der findes en levedygtig bestand i Midtjylland, men ellers er arten sjælden i Danmark.
Frynseflagermus
Latin: Myotis nattereri
Udbredelse: Sjælden i Danmark, men forekommer især på Bornholm, Lolland og i Himmerland.
Skimmelflagermus
Latin: Vespertilio murinus
Udbredelse: Findes primært i Nordøstsjælland, hvor den er almindelig. Træffes også omkring Århus, hvor der er en lille vinterbestand.
Nordflagermus
Latin: Eptesicus nilssoni
Udbredelse: Menes at være forsvundet fra Danmark.
Langøret flagermus
Latin: Plecotus auritus
Udbredelse: Relativt almindelig over hele landet med undtagelse af det vestligste Jylland, vestligste Fyn og Lolland, Langeland og nogle mindre øer.
Troldflagermus
Latin: Pipistrellus nathusii
Udbredelse: Sjælden og findes overvejende i Østjylland, Sjælland og Lolland, men kan også træffes på Bornholm.