Ændret arealanvendelse og mangel på levesteder
Mange arters levesteder er forsvundet eller forsvinder, bliver mindre eller forstyrres på grund af ændret arealanvendelse. Når naturområder anvendes til landbrug eller bebygges, bliver der mindre og mindre plads til biodiversiteten. Forringelsen af de bevarede økosystemer skyldes fragmentering af levestederne, klimaforandringer og forurening.
Truslen mod biodiversitet er først og fremmest rettet mod levesteder og påvirker dermed arternes bestande, genetiske diversitet og eksistens. Ikke-hjemmehørende invasive arter og klimaforandringer er de næststørste trusler mod biodiversiteten. Mange bestande er også direkte påvirket af jagt, fangst, indsamling samt fiskeri og bifangst. Udslip forårsaget af mennesker eutrofierer, forsurer og forurener levesteder og påvirker også arternes levevilkår nu og i fremtiden.