Efter naturbeskyttelseslovens § 65, stk. 2, kan kommunen i særlige tilfælde dispensere fra lovens § 4, stk. 1, nr. 1, til målrettede enkeltforanstaltninger i form af anvendelse af bekæmpelsesmidler, f.eks. ved sprøjtning (pletsprøjtning), mod bl.a. invasive, ikke-hjemmehørende arter. Bestemmelsen kan anvendes i tilfælde, hvor en dispensation fra sprøjtningsforbuddet er nødvendig af hensyn til bekæmpelse af invasive, ikke-hjemmehørende arter, plantearter giftige for husdyr eller arter, der efter anden lovgivning er pligt til at bekæmpe (f.eks. flyvehavre). Desuden kan der dispenseres i forbindelse med pleje af fortidsminder omfattet af beskyttelsen efter museumslovens § 29 e i tilfælde, hvor en dispensation er nødvendig til bekæmpelse af vedplanter, der vokser på eller i umiddelbar nærhed af f.eks. ruiner eller andre anlæg med stenkonstruktioner, og såfremt bekæmpelsen er nødvendig for at hindre eller forebygge skader på de pågældende ruiner m.v.
Kommunen skal i det enkelte tilfælde tage stilling til, om der i det hele taget er et bekæmpelsesbehov, og om anvendelse af bekæmpelsesmidler i bekræftende fald er den mest hensigtsmæssige bekæmpelsesmetode, eller om der findes andre velegnede metoder, der er mere skånsomme over for det naturlige dyre- og planteliv. Det er forudsat, at kommunen alene dispenserer fra forbuddet i § 4, stk. 1, nr. 1, når anvendelse af bekæmpelsesmidler er den mest hensigtsmæssige løsning.
I dispensationssager om bekæmpelse af arter – der ikke foretages af hensyn til aktiviteter nævnt i § 4, stk. 2 – på de dele af Forsvarsministeriets arealer, hvorpå der findes ikke-eksploderet ammunition, forudsættes det dog, at kommunen vil dispensere fra forbuddet til anvendelse af bekæmpelsesmidler under henvisning til risikoen for sprængning ved valg af andre bekæmpelsesmetoder. Det forudsættes derudover, at kommunen i dispensationssager, der involverer fortidsminder omfattet af beskyttelsen efter museumslovens § 29 e, vil drøfte spørgsmålet om valg af bekæmpelsesmetode med Kulturministeriet (Slots- og Kulturstyrelsen).
Som hidtil vil kommunen i øvrigt skulle vurdere, om en nærmere angivet bekæmpelsesmetode vil medføre tilstandsændringer på det berørte § 3-beskyttede areal og i så fald forudsætter en dispensation fra § 3-beskyttelsen.
I forbindelse med behandlingen af konkrete sager om dispensation fra forbuddet mod anvendelse af bekæmpelsesmidler på § 3-beskyttede arealer vil kommunen skulle opfylde kravet i habitatbekendtgørelsens § 6 om habitatscreening og/eller habitatvurdering af det enkelte projekt.