Tilsynsområdet er kendetegnet ved at være omfattet af en række regler og vejledninger. Som udgangspunkt er miljøtilsynet reguleret af miljøbeskyttelseslovenskapitel 9 og husdyrbruglovens kapitel 5.
Miljøtilsynsbekendtgørelsen
Miljøtilsynsbekendtgørelsen fastsætter regler om tilsyn efter miljøbeskyttelsesloven, husdyrbrugloven og jordforureningsloven. Bekendtgørelsen indeholder bl.a. regler om fastsættelse af tilsynsfrekvens for industrivirksomheder og husdyrbrug.
Vejledning om miljøtilsynsbekendtgørelsen
Tilsynsmyndighederne kan få vejledning om miljøtilsynsbekendtgørelsen i Miljøstyrelsens digitale tilsynsvejledning. Vejledningen giver anvisning på, hvordan reglerne i miljøtilsynsbekendtgørelsen kan omsættes til praksis. Det gælder fx vejledning om miljørisikovurdering af virksomheder og husdyrbrug, planlægning af tilsynsindsatsen samt afgivelse og offentliggørelse af oplysninger om tilsyn.