Miljømyndighederne skal føre tilsyn med virksomheder og landbrug for at sikre, at miljøforholdene er forsvarlige og gældende regler overholdes. Kommunerne er den myndighed, som er nærmest forureningskilderne og tilsynsmyndighed for de fleste opgaver efter miljøbeskyttelsesloven, husdyrbrugloven og bekendtgørelser til disse.
Miljøstyrelsen Virksomheder er tilsynsmyndighed for de potentielt mest forurenende virksomheder. Det fremgår nærmere af godkendelsesbekendtgørelsen kapitel 3 og miljøbeskyttelseslovens kapitel 9, hvornår Miljøstyrelsen er tilsynsmyndighed. Miljøstyrelsen fører også tilsyn på en række andre områder. Tilsynsforpligtelserne spænder fra tilsyn med stoffer og produkter, over forskellige mærknings- eller certificeringsordninger, forsøgsudsætninger og meget mere.