Hygiejnekontrollen udføres af hensyn til fødevaresikkerheden og reglerne herfor følger fødevarelovgivningen. Kontrollen omfatter fersk fisk, der bliver landet direkte fra søen af fartøjer fra Danmark, EU og tredjelande. Formålet er at være med til at sikre sunde og gode fisk og fiskevarer til forbrugerne og fødevarevirksomhederne.
Opgaven er delegeret fra Fødevarestyrelsen. Den bliver udført efter EU-fødevareforordningen og fødevarelovgivningen i Danmark.