GUDP bestyrelsen udarbejder forslag til en 4 årig strategi for programmet. Strategien godkendes af miljø- og fødevareministeren.
I forlængelse af strategien udarbejder bestyrelsen hvert år et forslag til handlingsplan for udmøntning af midler i det kommende års ansøgningsrunder og indsatser. Handlingsplanen godkendes ligeledes af miljø- og fødevareministeren.