GUDP bestyrelsen udarbejder forslag til en 4-årig strategi for programmet, som godkendes af miljø- og fødevareministeren. Med udgangspunkt i strategien udarbejdes forslag til handlingsplan for udmøntning af midler i det kommende års ansøgningsrunder og indsatser. Handlingsplanen godkendes ligeledes af miljø- og fødevareministeren.