Miljøstyrelsen udgav i 2000 vejledning nr. 3 om zonering (zoneringsvejledningen). Formålet med vejledningen var på daværende tidspunkt at udpege følsomme indvindingsområder særligt over for nitrat (NFI) og indsatsområder (IO), på et fagligt og ensartet grundlag og efter ensartede kriterier i hele landet, så resultaterne kunne skabe det bedst mulige grundlag for den fremtidige planlægning af grundvandsbeskyttelsen.
Ved udgivelse af zoneringsvejledningen i 2000 var zonering og detailkortlægning amternes opgave, hvorfor vejledningen primært blev udarbejdet som en teknisk vejledning for amterne.
I dag er Miljøstyrelsen ansvarlig myndighed for kortlægning af områder med særlige drikkevandsinteresser (OSD) og indvindingsoplande til almene vandforsyninger uden for OSD, herunder sårbarhedskortlægning og afgrænsning af følsomme indvindingsområder, indsatsområder og BNBO. Lovkompleks, myndighedsansvar og metodikker for grundvandskortlægningen er løbende justeret siden udgivelsen af zoneringsvejledningen i 2000. Miljøstyrelsen har derfor valgt, at zoneringsvejledningen ikke opdateres, men bortfalder, og erstattes af faglige vejledninger og administrative retningslinjer, der er tilgængelige på Miljøstyrelsens hjemmeside.
Miljøstyrelsen arbejder for at udføre robust og ensartede grundvandskortlægning af høj kvalitet med det formål at sikre det bedst mulige grundlag for beskyttelse af drikkevandsressourcen. Med ny viden og nye metoder opdateres vejledninger og administrative retningslinjer løbende og offentliggøres på Miljøstyrelsens hjemmeside.