Odense Fjord er et lavvandet fjordområde med mange småøer. For størstedelen af vandarealet er vanddybden under 2 meter, ca. 1/10 af arealet har en dybde på mere end 4 meter, og kun i sejlrenderne når vanddybderne op til 10 meter.
De omgivende kystarealer fremtræder hovedsageligt som lavtliggende flade arealer med forholdsvis mange strandenge og store inddæmmede arealer. Fra nyere tid har godset Hofmansgave især sat sit tydelige præg på landskabet, bl.a. ved de store inddæmmede områder på nordvestsiden af fjorden.
Vigelsø er oprindeligt 3 øer, som i 1866 blev forbundet med dæmninger til én stor ø. I 1990 erhvervede staten Vigelsø for gennem naturgenopretning at omdanne øen til et fristed for dyr og planter.
På grænsen mellem Kattegat og fjorden ligger den strandvoldsskabte Enebærodde, som er Fyns største hedelokalitet. For enden af odden ligger Gabet, som er fjordens eneste forbindelse til Kattegat.
Rastende vandfugle
De mange småøer, strandenge og lavvandede områder gør Odense Fjord til et enestående yngle- og rasteområde af international betydning for ande- og vadefugle.
Traditionelt er fjorden rasteplads for store mængder af knopsvane, sangsvane, gravand, krikand, pibeand, troldand, hvinand, toppet skallesluger, stor skallesluger og blishøne. Desuden kan der periodevis forekomme rastende flokke af ederfugl, sortand, fløjlsand, bjergand og mørkbuget knortegås.
På vaderne ses ofte rastende vadefugle, bl.a. rødben, vibe, hjejle og stor regnspove.
Fuglelivet i yngletiden
Fjorden rummer ganske store yngleforekomster af almindelige danske kystfuglearter. Der er ret få ynglepar af de store mågearter, mens hættemågen til gengæld yngler i tusindtal. På holmene yngler desuden ederfugl, knopsvane, gråand, gravand og toppet skallesluger. Enkelte år ses også jordrugende skarv.
Engområderne langs fjorden huser pæne bestande af vadefugle, hvoraf strandskade og rødben er de talrigeste.
Vildtreservat
Miljø- og Energiministeriet har med virkning fra 1. september 1996 udlagt Odense Fjord som vildtreservat. Reservatordningen indebærer, at der er jagtforbud og færdselsreguleringer på nogle af de steder, hvor fuglene søger føde eller yngler.
Nye reservater for vandfugle
Odense Fjord Vildtreservat er blandt de ca. 50 reservater, der bliver oprettet eller udvidet inden år 2000. Det har Folketinget besluttet i forbindelse med vedtagelsen af lov om jagt og vildtforvaltning, som trådte i kraft i 1994.
De nye reservater udbygger det eksisterende netværk for ynglende og trækkende vandfugle i Danmark. Reservaterne er fristeder, hvor fuglene har fred til at raste og søge føde.
Det forventes – blandt andet på baggrund af erfaringer fra forsøgsreservater i Limfjorden og ved Møn - at reservaterne vil medføre en forøgelse af rastende fugle i områderne. Samtidig kan både jægere og andre naturinteresserede glæde sig over, at mulighederne for gode naturoplevelser vil blive væsentligt forøgede.
Effekten af reservaterne vil blive fulgt gennem et overvågningsprogram, som Danmarks Miljøundersøgelser gennemfører for Naturstyrelsen.