Den største bekymring for denne gruppe af fluorholdige stoffer er at de er ekstremt svært nedbrydelige i miljøet og konsekvenserne af deres anvendelse, f.eks. potentiel forurening af grund- og drikkevand. PFAS er identificeret i miljøet i hele Europa. Produktion og anvendelse af PFAS i kemiske blandinger og i produkter har resulteret i forurening af drikkevandsforsyninger i flere europæiske lande. Gennem human biomonitorering er en række PFAS detekteret i blodet hos borgerne i Europa. Selvom niveauerne for de mest udbredte, studerede og regulerede PFAS (f.eks. PFOA og PFOS) er faldende, er niveauerne for 'nye' PFAS stigende. De toksikologiske data for PFAS er ofte begrænsede. For en række PFAS er sundhedseffekter dog beskrevet i litteraturen, herunder leverskader, effekter på immunsystemet, lavere fødselsvægt, effekter på fertiliteten og/eller det ufødte barn samt mistanke om, at de kan være hormonforstyrrende eller inducere kræft. Det store antal PFAS gør at en stof-for-stof-risikovurdering ikke i tilstrækkelig grad vil begrænse eksponeringen for mennesker og miljøet.