Vidensgrundlaget bag vandområdeplanerne skal forbedres. Derfor har forskere undersøgt betydningen af fx fiskeri, invasive arter og mikroplast for tilstanden i havmiljøet
Forskere ved DTU Aqua og Aarhus Universitet har undersøgt de enkelte kystvandes påvirkning fra en række andre påvirkningsfaktorer end forurening med næringsstoffer samt klimapåvirkninger. Forhold og aktiviteter, som direkte eller indirekte potentielt kan påvirke miljøtilstanden i vandområderne. Herunder er undersøgt påvirkninger fra fiskeri med bundslæbende redskaber, effekter af fiskeri på fødenettet, påvirkning fra klappladser, råstofindvinding, bypass (omfordeling af bundmateriale/sediment på havbunden) og kystfodring, samt påvirkning i forbindelse med skibstrafik, og fysiske anlæg som sluser og havneanlæg. Dertil kommer undersøgelser af påvirkninger fra mikroplast og marine invasive arter.
Undersøgelserne af disse potentielle presfaktorer har vist, at ud over slusedrift i Ringkøbing og Nissum Fjorde, kan fiskeri med bundslæbende redskaber i konkrete vandområder have en betydende effekt på de biologiske kvalitetselementer som karakteriserer miljøtilstanden i kystvandene, herunder effekt på dybdeudbredelsen af ålegræs og andre rodfæstede bundplanter. Undersøgelserne viser således, at der i ca. 30 % af vandområderne er potentielt sammenfald mellem fiskeri med bundslæbende redskaber og arealer, hvor ålegræs og andre rodfæstede bundplanter bør kunne vokse. Sammenfaldet varierer mellem vandområderne og kan være mellem 3-34 % af arealet, hvor ålegræs og andre bundplanter bør kunne vokse.