Efter udarbejdelse af vejledningen, er Miljøstyrelsen blevet bedt om at specificere hvilke elementer som IKKE kan modtage tilskud under helhedsprojekter. Generelt gælder det at elementer af helhedsprojekter som ikke er nødvendige eller direkte påvirket af vandløbsrestaureringen ikke kan få tilskud via helhedsprojekter, og skal finansieres fra anden side. Dette kan bl.a. være:
- Hegning i forbindelse med naturpleje (hvis hegningen ikke er nødvendig for restaureringen)
- Naturpleje (ved frivillige aftaler om natur som ikke omhandler vand på terræn)
- Kompensation ved frivillige aftaler om natur (også arealer som i mindre eller ingen grad oversvømmes, men er inden for ådalen)
- Rydning (rydning som ikke er nødvendig for at kunne lave vandløbsrestaureringen)
- Håndtering af overfladevand fra befæstede arealer
- 20-årig fastholdelse ved vådområde/lavbundselementer i helhedsprojektet, samt køb af jord
- Etablering af vådbundsskov ved såning/plantning af træer