Hvis BNBO er omfattet af en indsatsplan skal erstatning til lodsejere, der mødes af påbud efter miljøbeskyttelseslovens § 26 a, ydes enten af kommunen eller vandforsyningsselskaberne,
Udgangspunktet i lovgivningen er, at omkostningerne afholdes af kommunen som myndighed. Dette fremgår også af miljøbeskyttelseslovens § 64 a og vandforsyningslovens § 13 d, hvorefter kommunen aktivt skal beslutte, hvis en erstatning skal afholdes af et vandforsyningsselskab, der har fordel af påbuddet. Omkostningerne i forbindelse med indgåelse af dyrkningsaftale, jf. vandforsyningslovens § 13 d. eller i forbindelse med påbud af rådighedsindskrænkninger, jf. miljøbeskyttelseslovens § 26 a, kan således brugerfinansieres af de vandforbrugere, der er tilknyttet det vandforsyningsselskab, der har fordel af dette.
Almene vandforsyninger kan, jf. vandforsyningslovens § 52 b etablere samarbejder med henblik på samlet varetagelse af og fordeling af udgifterne til kortlægning, overvågning og beskyttelse af vandressourcerne. Ydermere kan kommunen, jævnfør vandforsyningslovens § 48, efter forhandling med berørte vandforsyninger påbyde samarbejde mellem almene vandforsyninger i kommunen, hvis det skønnes nødvendigt.
I områder, hvor der ikke er et vandforsyningsselskab, der kan siges at have fordel af dyrkningsaftalen eller påbuddet, skal omkostningerne afholdes af kommunen.
Erstatningen efter miljøbeskyttelseslovens § 24 skal som udgangspunkt betales af de brugere af vandet, der har fordel af forbuddet eller påbuddet. Erstatningskrav skal fremsættes senest 4 uger efter, at påbuddet eller forbuddet er meddelt lodsejer. Påbud efter miljøbeskyttelseslovens § 24 følger ikke samme procedure som miljøbeskyttelseslovens § 26 a, men miljøbeskyttelseslovens og forvaltningslovens regler for kommunens afgørelser. Dvs. kommunen skal varsle, foretage partshøring, begrunde afgørelsen mv.
Uddybende beskrivelse findes i afsnit 3.2.4 Erstatningsfastsættelse i Miljøstyrelsens Vejledning om vurdering af indsatser rettet mod erhvervsmæssig brug af pesticider i boringsnære beskyttelsesområder (BNBO).