Miljøstyrelsen registrerer alle de plantearter, der er i et vandløb, ved at vade gennem en udvalgt strækning i vandløbet eller ved at lave undersøgelsen fra en båd. Planterne fra vandløbet bliver sammenlignet med andre danske vandløb med vandplanter via Det Danske Vandløbsplanteindeks.
På den måde er det muligt at vurdere, hvordan kvaliteten af vandløbets plantesamfund er. Man afgør kvaliteten ud fra en sammenhæng mellem de forskellige plantearter og hvor stort et areal de dækker i vandløbet.