Miljøstyrelsen registrerer, hvilke undervands- og flydebladsplanter der findes i søen, og Miljøstyrelsen måler dækningsgraden og højden af undervandplanterne, samt hvilken dybde de vokser ud til.
Plantesamfundet er grundlaget for at bestemme, hvilken naturtype søen hører til. Der findes seks forskellige sønaturtyper, som vi i Danmark har forpligtet os til at passe særligt på. Den fineste og mest sjældne sønaturtype er lobeliesøen.
Vandranke og liden najade er eksempler på vandplanter, som vi har forpligtet os til at beskytte alle steder, hvor de vokser. Derfor undersøger Miljøstyrelsen , hvor de lever. Miljøstyrelsen modtager samtidig gerne information fra borgere, som har observeret planterne i andre områder end dem, vi selv undersøger.