Undervandsplanter
Der er meget få undervandsplanter i Vesterborg Sø.
Der er siden 2004 fundet almindelig kildemos, og kun i et enkelt sted i søens sydøstlige hjørne. Derudover har Miljøstyrelsen siden 2014 set enkelte planter af tornfrøet hornblad og kruset vandaks. Ringe lysforhold og den meget bløde bund gør, at undervandsplanter har svært ved at etablere sig i søen.
Efter undersøgelsen af undervandsplanter i 2019 kom der senere på året mange hornblad og kruset vandaks, som dækkede næsten hele søen. Det hænger sandsynligvis netop sammen med den bedre sigtdybde i 2019.