Planteplankton er mikroskopiske alger, der svæver frit i vandet. De er første led i fødekæden, og nogle arter kan vokse så hurtigt, at antallet bliver fordoblet på en dag eller to.
Planteplanktonet reagerer hurtigt på ændringer i de forhold, der har betydning for væksten så som lys og hvor mange næringsstoffer, der er i vandet. Det høje indhold af fosfor og kvælstof i Bryrup Langsø medfører derfor en høj produktion af planteplankton.
Miljøstyrelsen undersøger planteplankton 12 gange om året hvert sjette år på det dybeste sted i søen. Her bliver der fra den øvre vandmasse taget prøver for at undersøge mængden og artssammensætningen af planteplankton.