Næringsstofferne fosfor og kvælstof er interessante, fordi indholdet af næringsstoffer i vandet har stor indflydelse på væksten af planteplankton i søen. Høj koncentration af kvælstof og fosfor medfører kraftig vækst af planteplankton og dermed uklart vand. Når planteplankton synker ned til bunden, bliver det nedbrudt af bakterier, hvilket bruger ilt og frigiver næringsstoffer til vandet igen. Iltforbruget kan blive så stort, at der kan blive helt iltfrit ved bunden, hvilket fjerner livsgrundlaget for dyr og planter.
I Tranemose undersøger Miljøstyrelsen vandets indhold af næringsstoffer og ilt 19 gange om året hvert andet år (fra 2015) på en målestation, der ligger i den dybeste del af søen. Fra 2011 til 2015 blev der taget prøver hvert år. Før 2011 blev Tranemose overvåget ekstensivt med kun 7 prøver om året i udvalgte år.