Bunddyr er en naturlig del af søens dyreliv og findes over hele søens bund, hvis iltforholdene er gode nok. Bunddyr er vigtige i omsætningen af søens alger og vandplanter og af de blade og grene, som bliver tilført søen fra omgivelserne. Bunddyr er derudover vigtig føde for søens fisk, men også for fugle i den tid hvor vandinsekterne går på vingerne.
I søens bredzone er der som regel mange arter af bunddyr, fordi der ofte er mange forskellige levesteder. Det kan være områder med rørskov eller undervandsplanter, og det kan være en vekslende bund af sten, grus, sand eller mudder.
Vindpåvirkning og søens størrelse og form og dybde er med til at bestemme mangfoldigheden af levesteder. På søens større dybder er søbunden mere ensartet af dynd, og der er derfor færre arter af bunddyr end inde ved bredden.
Bunddyrene afspejler på flere måder søens tilstand. I bredzonen har søens næringsrighed indflydelse på algebegroning og mængden af føde, hvilket har betydning for bunddyrene. I lagdelte søer er længden af den iltfrie periode på søens dybere dele afgørende for forekomsten af bunddyr.
Bunddyrene fortæller samtidig noget om fiskebestanden, da fisk foretrækker snegle, vandbiller, vandtæger og dansemyg. I fiskerige søer vil der som regel være ret få bunddyr, som overvejende er små, fordi fiskene æder de største.
Bunddyr i bredzonen anvendes i de kommende vandområdeplaner som en del af grundlaget for at vurdere den økologiske tilstand i Søby Sø.

Miljøstyrelsen har i 2017 undersøgt bunddyrene på fire målestationer ved bredden af Søby Sø.
Antal arter og dyr i bredzonen
Ved undersøgelsen i 2017 fandt Miljøstyrelsen 60 arter af bunddyr i bredzonen i Søby Sø. De fordeler sig på 13 arter af vårfluer, 8 dansemyg, 8 snegle, 6 døgnfluer og 25 arter i mindre grupper. 60 arter af bunddyr er et højt antal for danske søer.
Undersøgelsen viste, at der lever flest arter ved søens sydlige bred, hvor der er fundet 37 arter. Langs søens øvrige bredder er der hvert sted indsamlet 22 arter, dog med forskelle i sammensætningen af arter. Samme forhold gælder for antallet af dyr, som også er størst langs søens sydlige bred.
Det større antal af arter og dyr ved søens sydlige bred hænger ganske givet sammen med, at bunden er mere varieret med vandplanter hist og her og flere sten og mere grus end på de andre undersøgte steder i søen.
Den mere vekslende bund giver flere levesteder for bunddyrene. I andre områder af Søby Sø er bunden af sand og dækket enten af vandplanter eller rørskov.
Generelt er der ikke mange dyr af hver art i Søby Sø. Undtagelsen er enkelte arter, som der er mange af. Døgnfluer er den gruppe med absolut flest dyr efterfulgt af snegle. Resten af bunddyrene er der mere eller mindre få af.
Bredzonens mest almindelige arter er døgnfluerne; Centroptilum luteolum, Cloeon dipterum, Caenis loctuosa og Leptophlebia vespertina, orme, blæresnegl Physa fontinalis og ærtemusling Pisidium.

Døgnfluen Leptophlebia vespertina er en af de karakteristiske døgnfluer i Søby Sø. Foto Fiskeøkologisk Laboratorium
De mange bunddyr i bredzonen, heriblandt mange døgnfluer, skyldes sandsynligvis, at der er så mange vandplanter i søen, og at den er så ren.
Dyrene er alle vigtige for omsætningen af organisk stof i bredzonen, hvor nogle dyr sønderdeler plantemateriale og andre enten er sedimentædere, filtratorer eller skrabere. De fleste snegle er for eksempel fundet på målestationen mod øst med mest rørskov og sammenskyllede kviste og blade. Snegle lever af at skrabe alger på planter, grene og sten, hvilket stemmer overens med bundens beskaffenhed på dette sted.
Karakteristiske arter
I Søby Sø lever den husbyggende vårflue Nemotaulius punctatolineatus, der er på den danske Rødliste over sårbare arter. Som larve bygger denne vårflue sit karakteristiske hus af plantedele og blade. Nemotaulius punctatolineatus lever også i andre rene søer i Jylland, blandt andet Hampen Sø.