De forskellige bunddyrarter har forskellige krav til saltholdigheden, som betyder, at man under naturlige upåvirkede forhold finder flere bunddyrarter i vandområder med høj saltholdighed end i områder med lav saltholdighed. Saltholdighedens naturlige betydning for forhold af bunddyrarter indgår i vurderingen af bunddyrenes tilstand i de enkelte vandområder.
Antallet af bunddyrarter påvirkes også af iltforholdene således, at langt flere bunddyrarter kan trives ved høje naturlige iltkoncentrationer end ved forekomsteraf lave iltkoncentrationer, som man ofte ser i vandområder med stor tilførsel af næringsstoffer.
Der lever mange forskellige dyr på bunden af Præstø Fjord. I det kun lidt salt vand finder man både dyrearter, der normalt lever i ferskvand, og dyrearter, der er egentlige havdyr, det vil sige dyr, der trives ved de saltholdigheder, man oplever i det åbne hav.
Fjordens bunddyr har været undersøgt 11 gange siden 2004. Hver gang er der blevet indsamlet 42 prøver i et afgrænset område midt i fjorden. Prøverne er indsamlet på vanddybder fra 1,7 til 5,4 meter.
Her bliver der unersøgt for bunddyr

Miljøstyrelsen har igennem mange år undersøgt dyrelivet på bunden af fjorden. Det område i fjorden, hvor det undersøges, er markeret på ovenstående kort.
Arter
Ved undersøgelserne af bunddyrene er der fundet i alt 61 forskellige arter i Præstø Fjord. De fordeler sig på 18 arter af krebsdyr, 12 arter af havbørsteorm, 8 arter af insekter, 8 arter af snegle, 7 arter af muslinger, samt 8 arter fra de mindre grupper af saddelbørsteorme, slimbændler og fladorme.
Der er i alt fundet 18.990 dyr i prøverne i de 11 år, hvor bunddyrene er blevet undersøgt. En fjerdedel af dyrene var dyndsnegle, Peringia sp. , som dermed er fjordens mest almindelige bunddyr.
Sneglearten flodnerit Theodoxus fluviatilis og dyndsnegl Potamopyrgus antipodarum er ligeledes ret almindelige. Sneglene spiser mikroalger der vokser på fjordens bund, og de er vigtige for stofomsætningen i fjorden.
Der er endvidere mange muslinger i fjorden. Blåmuslingen Mytilus edulis er fjordens næst mest almindelige bunddyr. Der er desuden mange sandmuslinger Mya arenaria , østersømuslinger Macom balthica og Lamarcks hjertemuslinger Cerastoderma glaucum .
Forskellige arter af dansemyggelarver, Chironomidae er samlet set de tredje mest almindelige bunddyr i fjorden. Insekter er normalt ikke almindelige i hav og fjord, men i Præstø Fjord klarer både dansemyggene og andre arter insekter sig godt. Dette skyldes vandets relativt lave saltindhold.

Til smukke og almindelige bunddyr i Præstø Fjord. Til venstre flodnerit Theodoxus fluviatilis og til højre østersømusling Macom balthica. Begge dyrene er vigtige i stofomsætningen, fordi de lever af mikroalger og planteplankton. De er begge vigtige fødeemner for fisk og vandfugle. (Joop Trausel & Frans Slieker (tv.) og Hans Hillewaert (th.), WoRMS foto)
Blandt de mange krebsdyrearter er slikkrebsen Corophium sp., tangloppen Microdeutopus gryllotalpa, bænkebideren Idothea chelipes og bænkebideren Sphaeroma hookeri de arter, der er hyppigst forekommende.
I den øverste del af bunden lever endvidere forskellige havbørsteorme. De to almindeligste arter er Hediste diversicolor og Pygospio elegans.

Slikkrebsen Corophium til venstre og bænkebideren Idothea til højre er almindelige i fjorden. De er begge vigtige fødeemner for fisk og vandfugle (Silvia Waajen (tv.) og Jonas Mortelmans (th.), WoRMS foto).