De forskellige bunddyrarter har forskellige krav til saltholdigheden, som betyder, at man under naturlige upåvirkede forhold finder flere bunddyrarter i vandområder med høj - end i områder med lav saltholdighed. Saltholdighedens naturlige betydning for antallet af bunddyrarter indgår i vurderingen af bunddyrenes tilstand i de enkelte vandområder.
Antallet af bunddyrarter påvirkes også af iltforholdene således, at langt flere bunddyrarter kan trives ved høje naturlige iltkoncentrationer end ved lave forekomster af iltkoncentrationer, som man ofte ser i vandområder med stor tilførsel af næringsstoffer.
De fleste af bunddyrene i Mariager Fjord har dårlige livsbetingelser. Alle de bunddyr, som forekommer i et stort antal i fjorden, tåler et lavt indhold af ilt i vandet. De arter, som ikke tåler et lavt iltindhold, findes kun i et mindre antal. Disse arter lever blandt andet i de mere lavvandede dele af fjorden, hvor iltindholdet er højere. De kan desuden komme ind i fjorden med vand fra Kattegat.
Bortset fra blåmuslinger og til tider sandmuslinger er det ikke almindeligt at finde store individer af bunddyr i fjorden. De øvrige arter, som ellers kan vokse sig store, gør det ikke i Mariager Fjord. De findes i Mariager Fjord kun som ikke fuldt udvoksede individer.

Blåmuslinger på bunden af Mariager Fjord.
Bunddyrene på den bløde bund i Mariagers inderfjord er blevet overvåget 19 gange siden 1997. Hver gang er der blevet indsamlet prøver fra 42 stationer i fjorden. Stationerne ligger fordelt i et område, hvor der er 5-10 meter dybt.
Her bliver der undersøgt for bunddyr

Miljøstyrelsen har igennem mange år undersøgt dyrelivet i et område imellem Hobro og Mariager. Stedet er vist i kortet med en orange markering af en central position i undersøgelsesområdet.
Meget få arter
Ved Miljøstyrelsens og amternes undersøgelser er der fundet 63 arter af bunddyr i fjorden. De fordeler sig med 21 arter af havbørsteorm, 21 arter af krebsdyr, 8 arter af muslinger, 4 arter af snegle og 9 arter af andre dyregrupper.
Søstjerner, slangestjerner og søpindsvin, som tilhører gruppen pighuder, er ikke registreret i undersøgelserne. Det kan skyldes, at pighuder ikke trives i iltfattigt vand og i vand, der indeholder mange næringsstoffer.
De 63 arter af bunddyr, som er fundet gennem årene 1997 til 2020, er et lille antal, for en så omfattende undersøgelse i et dansk marint område. Det lave antal arter giver i sig selv et fingerpeg om, at et mangfoldigt dyreliv har trange kår i den indre del af Mariager Fjord.
Derudover er der ikke mange dyr af hver art bortset fra nogle få arter, som findes i rigelige mængder, og som bliver fundet hver gang, der undersøges for bunddyr.
I danske havområder og fjorde er havbørsteorm normalt den mest artsrige dyregruppe. Det er den også i Mariager inderfjord, men det er ikke meget kun at finde 21 arter i løbet af 19 års undersøgelser, sådan som det er tilfældet her.
Dertil kommer, at de almindeligste arter af havbørsteorme i Mariager Fjord netop er typiske for områder, som er belastede med næringsstoffer. Det gælder blandt andet de små arter Polydora ciliata, Polydora cornuta og Capitella capitata, samt de lidt større Neanthes succinea og Hediste diversicolor.

Havbørsteormen Hediste diversicolor er en af de mest almindelige børsteorm i Mariager Fjord (Erik Kristensen WoRMS foto).
Med 21 arter krebsdyr er der fundet lige så mange arter af denne gruppe, som antal arter af havbørsteorme. Dette er meget usædvanligt for marine områder i Danmark. Det er dog kun to af fjordens 21 arter af krebsdyr, der lever i stort antal i fjorden, nemlig slikkrebsen Corophium insidiosum og tangloppen Microdeutopus gryllotalpa.