De forskellige bunddyrarter har forskellige krav til saltholdigheden, som betyder, at man under naturlige upåvirkede forhold finder flere bunddyrarter i vandområder med høj saltholdighed end i områder med lav saltholdighed. Saltholdighedens naturlige betydning for forhold af bunddyrarter indgår i vurderingen af bunddyrenes tilstand i de enkelte vandområder.
Antallet af bunddyrarter påvirkes også af iltforholdene således, at langt flere bunddyrarter kan trives ved høje naturlige iltkoncentrationer end ved forudkomst af lave af iltkoncentrationer, som man ofte ser i vandområder med stor tilførsel af næringsstoffer.
Dyrelivet på bunden af Horsens Fjord er både præget af det relativt lave indhold af salt i vandet og den relativt store tilførsel af næringsstoffer til fjorden. De fleste marine dyrearter i Danmark foretrækker et højt saltindhold på cirka 33 promille, som findes i Nordsøen og Skagerrak. Ned gennem Kattegat falder saltindholdet, og i Horsens Fjord er det gennemsnitlige saltindhold 22 promille. Dette forhold, kombineret med at der bliver tilført mange næringsstoffer, giver et liv i bunden af fjorden, som består af først at få arter, hver med mange individer.
Der er blevet indsamlet bunddyr i Horsens Fjord 16 gange siden 1998. Den seneste indsamling foregik i 2021. Der bliver indsamlet prøver en gang om året. Prøverne tages i et område midt i fjorden, hvor bunddybden varierer imellem 4 og 6 meter. Dyrelivet på bunden viser, hvordan forholdene har været igennem længere tid.
Her bliver der undersøgt for bunddyr

Der er foretaget undersøgelser af bunddyr siden 1998 i det markerede område i Horsens Fjord.
Ikke mange arter
I de 16 år bunddyrene er blevet undersøgt i Horsens Fjord er der fundet 78 arter. De fordeler sig på 34 arter af havbørsteorm, 17 arter af muslinger, 11 arter af krebsdyr, 7 arter af snegle, samt 9 arter af de mindre dyregrupper søanemoner, mosdyr, rundorme, slimbændler, polypdyr, havsvampe, sadelbørsteorme og fladorme.
Dyregruppen pighuder, som blandt andet omfatter søstjerner, slangestjerner og søpindsvin lever især i vand med højt saltindhold. Man ville forvente at finde repræsentanter for dyregruppen i fjorden, men der er ikke fundet pighuder i prøverne. Pighuderne er følsomme overfor dårlige iltforhold, som kan forekomme i fjordens dybere dele. På lavere vand, hvor der oftest altid er gode iltforhold, er der registreret søstjerner.
Havbørsteorm er den gruppe med flest arter i Horsens Fjord. To af de seks mest almindelige i fjorden er Heteromastus filiformis og Capitella capitata , som lever nede ved bunden, og begge er almindelige i områder med mange næringsstoffer. Begge arter æder af bundmaterialet, hvor de udnytter det organiske indhold deri. De øvrige fire mest almindelige arter er Hediste diversicolor , Nephtys hombergii , Alitta succinea og Alitta virens. De er alle rovdyr, der lever af alle mulige smådyr, mens de førstnævnte også kan ernære sig ved at filtrere vandet

Heteromastus filiformis er den mest almindelige havbørsteorm i Horsens Fjord. Her ses den uden for sit rette element, der er den bløde bund. Midt på ormen kan man se rester af det pergamentagtige rør, som ormen opholder sig i (WoRMS foto).
Blandt de 17 arter af muslinger, der er fundet i Horsens Fjord, er den mest almindelige art sandmuslingen Mya arenaria. Derefter med aftagende forekomster er det blåmuslingen Mytilus edulis, mysella-muslingen Kurtiella bidentata, hampefrømuslingen Corbula gibba, stribet hjertemusling Parvicardium pinnulatum og østersømuslingen Macom balthica .