De forskellige bunddyrarter har forskellige krav til saltholdigheden, som betyder, at man under naturlige upåvirkede forhold finder flere bunddyrarter i vandområder med høj - end i områder med lav saltholdighed. Saltholdighedens naturlige betydning for antallet af bunddyrarter indgår i vurderingen af bunddyrenes tilstand i de enkelte vandområder.
Antallet af bunddyrarter påvirkes også af iltforholdene således, at langt flere bunddyrarter kan trives ved høje naturlige iltkoncentrationer end ved lave forekomster af iltkoncentrationer, som man ofte ser i vandområder med stor tilførsel af næringsstoffer.
Der er undersøgt bunddyr i Flensborg Fjord siden 1998 og der bliver hver gang udtaget prøver i et område af fjorden, hvor der er 25 til 33 meter dybt. Udviklingen har ikke været god, og specielt i 2017 og 2018 har både antallet og biomassen af bunddyr været meget lav.
Den seneste undersøgelse fra 2020 viser fremgang i såvel artsantal som tætheden af bunddyr, men biomassen er stadig lav.
Her bliver der undersøgt for bunddyr

Undersøgelser af bunddyr udføres i Flensborg Fjord i et område syd for Sønderborg, angivet som den orange markering på kortet.
Arter af bunddyr
Siden 1998 er der, ved i alt 19 undersøgelser, fundet 80 arter af bunddyr i prøverne fra Flensborg Fjord. Det er ikke et stort antal arter i forhold til, hvad man ellers finder i andre danske marine områder.
Det lave antal arter skyldes svingende og lavt saltindhold i fjordens vand, samt mængden af næringsstoffer i vandet, der medfører, at der ofte opstår iltsvind.
De 80 arter fordeler sig med 36 arter havbørsteorme, 15 arter muslinger, 11 arter krebsdyr, 5 arter snegle, 2 arter pighuder samt 11 arter, der tilhører dyregrupperne pølseorme, saddelbørsteorme, søpunge, søanemoner, polypdyr, slimbændler, rundorme og foraminiferer.
Havbørsteormen Capitella capitata er det bunddyr, der er oftest er flest af i Flensborg Fjord. Arten er hårdfør og klarer sig godt i områder med mange næringsstoffer og tilbagevendende iltsvind.
Andre ret almindelige arter af havbørsteorm er den lille havbørsteorm Polydora ciliata, som bor i rør, Lagis koreni, der bygger små rørformede huse af sandkorn, skælryggen Bylgides sarsi og Nephtys hombergii.

Capitella capitata er en havbørsteorm, der indikerer, at miljøtilstanden ikke er god. Den er det mest almindelige dyr i prøverne fra Flensborg Fjord (Hans Hillewaert. WoRMS photo).
Den hvide pebermusling Abra alba er det næstmest almindelige bunddyr i Flensborg Fjord. Den store molboøsters Arctica islandica var almindeligt forekommende i starten af den periode, hvor bunddyrene i fjorden er blevet undersøgt. Den har imidlertid ikke vist sig i prøverne i de senere år, og sidst der blev fundet mange molboøsters i fjorden, var i 2013.
Desuden er hampefrømusling Corbula gibba og blåmusling Mytilus edulis almindelige muslinger i Flensborg Fjord.

Hvid pebermusling og molboøsters er vigtige for omsætningen af næringsstoffer i Flensborg Fjord. Som de øvrige muslingearter lever de af at filtrere partikler fra vandet. Næringsstoffer tages derved ud af vandfasen og overføres til bunden. Hvid pebermusling er glimrende føde for fladfisk (Hans Hillewaert (tv.) og Claude Nozéres (th.)WoRMS photo) .
Blandt krebsdyrene er stor kommakrebs Diastylis rathkei og kølet rur Balanus crenatus almindelige i Flensborg Fjord.
Pigget pølseorm Halicryptus spinulosus er et karakterdyr for fjorden. Den pikkede pølseorm er ikke almindeligt forekommende i danske fjorde og kystvande, men det er den i Flensborg Fjord. En femtedel af alle de piggede pølseorm, som Miljøstyrelsen har registreret gennem tiden, er fundet i Flensborg Fjord. Pigget pølseorm klarer sig godt i vand med et lavt iltindhold. Den kan oven i købet i nogen grad tåle svovlbrinte, som blive frigivet fra bunden, når der er iltsvind.