Planter, fisk og bunddyr
Furesø har gennem mange år været berømt for, at bunden er tæt dækket med relativt mange forskellige undervandsplanter, som vokser ud til dybder på 8 meter. Ved Miljøstyrelsens seneste planteundersøgelse blev der fundet mere end tyve arter. Det er på grund af det klare vand. Planterne er spredt nær bredden rundt om hovedbassinet og i det lavvandede område i Storekalv. Skør kransnål og børstebladet vandaks er de mest almindelige arter.
Det klare vand i Furesø skyldes blandt andet vandremuslingen, som menes at have levet i søen i mere end 150 år. Furesø har andre specielle bunddyr, herunder nogle krebsdyr som har levet i Furesø siden sidste istid. Miljøstyrelsen finder som det eneste sted i Danmark med jævne mellemrum disse reliktkrebs i Furesø. Bunden ved søens breder er meget varieret. Det skaber gode forhold for mange forskellige bunddyr.
Ved fiskeundersøgelserne bliver følgende ni arter altid fundet i Furesø: aborre, brasen, gedde, hork, løje, rudskalle, sandart, skalle og smelt. Derudover har Miljøstyrelsen nogle år registreret sude og ferskvandskvabbe. Den mest almindelige fiskeart i søen, både med hensyn til antal og vægt, er aborre efterfulgt af skalle og hork.