Fiskebestanden
Ved Miljøstyrelsens første undersøgelser i 1990’erne var sammensætningen af fisk atypisk for en sø med Furesøs karakteristika. Som regel dominerer aborre og skalle den type af søer, men i Furesø udgjorde brasen og smelt en større del af fiskene end normalt. Brasen har det med at rode bunden op for at finde føde. Når der er mange brasen, bliver vandet derfor mere uklart, og der bliver hvirvlet næringsstoffer op fra bunden.
Den atypiske fiskesammensætning betød også, at dyreplanktonet i Furesø i højere grad blev spist af fiskene. Da der derfor kom til at mangle dyreplankton til at spise planteplanktonet, betød det, at planteplanktonet kunne vokse mere uhæmmet. Det skabte dårligere lysforhold i vandet.
I perioden 2000 - 2004 besluttede kommunerne og de daværende amter at opfiske mere end 200 ton skidtfisk i form af brasen og skalle for at rette op på fiskesammensætningen.