Set over hele perioden er vandet i Engelsholm Sø blevet meget mere klart. Sigtdybden er steget fra knap 0,9 meter i 1989 til godt 2,6 meter i 2017, som er den største sigtdybde i hele perioden. I 2019 var sigtdybden dog faldet til 1,4 meter.
Fra 1992 til 1996 opfiskede Vejle Amt cirka 23 ton fisk i søen. I den periode blev vandet betydeligt klarere, og efterfølgende har sigtdybden stort set ligget mellem 1,5 og 2,5 meter. Vandet er blevet klarere på grund af opfiskningen af skaller og brasener. De to fiskearter lever nemlig hovedsageligt af dyreplankton, som igen lever af planteplankton. Den større mængde dyreplankton medfører derfor mindre planteplankton og mere klart vand. Brasenerne roder samtidig rundt i søbunden, som også er med til at gøre vandet uklart og frigive næringsstoffer.
Aarhus Universitet viser i rapporten Søer 2018, at der i perioden 2006-2016 ikke er sket ændringer i vandets klarhed hverken i Engelsholm Sø eller i de øvrige 15 undersøgte søer.