Det er vigtigt at kende indholdet af næringsstofferne fosfor og kvælstof, fordi indholdet af næringsstoffer i vandet har stor indflydelse på væksten af planteplankton i søen. Høj koncentration af kvælstof og især fosfor medfører kraftig vækst af planteplankton og dermed uklart vand. Fosfor er det næringsstof, der i de fleste søer er den mest begrænsende faktor for væksten af planteplankton. Det vil generelt sige at jo mindre fosfor jo mindre planteplankton.
Når planteplankton synker ned til bunden, bliver det nedbrudt af bakterier, hvilket bruger ilt og frigiver næringsstoffer til vandet igen. Iltforbruget kan blive så stort, at der kan blive helt iltfrit ved bunden, hvilket fjerner livsgrundlaget for dyr og planter.
I Engelsholm Sø undersøger Miljøstyrelsen vandets indhold af næringsstoffer og ilt 19 gange om året hvert andet år (fra 2015) på en målestation, der ligger i den dybeste del af søen. Fra perioden 1989 til 2015 blev der taget prøver hvert år.