Miljøstyrelsen overvåger havpattedyr som gråsæl, spættet sæl og marsvin. Tællinger bliver foretaget fra fly eller ved akustiske undersøgelser, hvor marsvinelyde optages i vandet. For visse arter overvåges også unger og dyrenes spæklag.
I delprogrammet Hav og fjord overvåger Miljøstyrelsen nogle få fuglearter som lom og havdykand.
Miljøstyrelsen registrerer ikke-hjemmehørende arter som stillehavsøsters, sargassotang og arter af børsteorm. Med en ny metode, eDNA, måler man rester af DNA i vandet, hvor arterne har været. Dermed kan man afsløre sådanne arter. Metoden kan bruges i små vandprøver.