Ofte stillede spørgsmål (FAQ)

En naturtypes bevaringsstatus er gunstig, når:
- arealet med naturtypen i det naturlige udbredelsesområde er stabilt eller øges.
- den struktur og de funktioner, der er nødvendige for naturtypens opretholdelse, er til stede og vil være det fremover.
- bevaringsstatus for de arter, der er typiske for naturtypen, er gunstig.

En arts bevaringsstatus anses for gunstig, når:
- bestandsudviklingen viser, at arten på lang sigt vil opretholde sig selv
- artens naturlige udbredelsesområde hverken er i tilbagegang eller vil blive mindsket.
- der er og sandsynligvis fortsat vil være et tilstrækkeligt stort levested til på lang sigt at bevare artens bestande.

Nej, områderne er placeret der, hvor naturen er. Størrelsen af det enkelte af de i alt 257 Natura 2000-områderne varierer meget, de største områder er ofte kystnære områder eller udpeget på havet. Nogle områder er udpeget på grundlag af forekomsten af nogle få arter eller naturtyper, mens andre har mange arter og naturtyper på udpegningsgrundlaget. 

Det er udelukkende de såkaldte Natura 2000-områder, som omfatter ca. 8 pct. af Danmarks landareal og 18 pct. af havarealet, der er omfattet af Natura 2000-planer. Der udarbejdes planer for alle Natura 2000-områder. Natura 2000-områderne består af et eller flere habitatområder og/eller fuglebeskyttelsesområder udpeget efter henholdsvis EU's Habitatdirektiv og Fuglebeskyttelsesdirektiv. 

Europa er opdelt i ni biogeografiske regioner på land, som hver for sig har særlige geografiske og biologiske kendetegn. I Danmark er der to biogeografiske regioner på land, den atlantiske og den kontinentale, og grænsen følger den jyske højderyg.  På havet er Danmark omfattet af den baltiske og den atlantiske region. 

En art er en levende organisme, som f.eks. en fugl, et insekt, en svamp eller en plante. En naturtype består af flere arter, der sammen med de fysisk og kemiske parametre skaber et bestemt artssamfund.

Udgangspunktet for iværksættelse af indsatsen er indgåelse af frivillige aftaler med lodsejerne, men planerne er bindende for myndighederne.

Natura 2000-planerne indeholder et indsatsprogram, som kommunerne og staten skal gennemføre. Indsatsprogrammet dækker naturtyper og arter, som indgår i udpegningsgrundlaget for det pågældende område. Indsatsprogrammet vedrører 6 år. Planlægningscyklus for skovbevoksede arealer med fredskovspligt er dog 12 år,

Udpegningsgrundlaget er en liste over de naturtyper og arter, som det enkelte Natura 2000-område er udpeget for at beskytte fordelt på det enkelte habitat- eller fuglebeskyttelsesområde. Disse naturtyper og arter er omfattet af habitat- og fuglebeskyttelsesdirektivernes bilagslister eller fuglebeskyttelsesdirektivets artikel 4.2.. Udpegningsgrundlaget for habitat- og fuglebeskyttelsesområderne opdateres normalt hvert 6. år.

Kommunerne skal, hvor det er relevant, udarbejde nye eller reviderede handleplaner for privatejede og kommunale arealer indenfor deres eget ressort eksklusiv de skovbevoksede fredsskovpligtige arealer.  

Miljøstyrelsen har udviklet et tilstandssystem med fem tilstandsklasser, der udtrykker naturens tilstand på de enkelte lokaliteter i Natura 2000-områderne på en skala fra dårlig til høj. Der er nu udarbejdet tilstandssystemer for de fleste naturtyper og for levestederne for 16 ynglefugle, eremit (en bille), klokkefrø og stor vandsalamander. Miljøstyrelsen forventer, at flere tilstandsvurderinger vil blive udviklet de kommende år.

Der vil være tilfælde, hvor menneskelige forstyrrelser kan have betydning for dyr og fugle, og som myndighederne derfor kan påtænke at regulere. Det kan være i form af begrænset adgang til dele af et område på sårbare tidspunkter.  

Formålet med Natura 2000-planerne at sikre naturkvaliteten og arternes levesteder. Derfor kan der være tilfælde, hvor det er nødvendigt at regulere færdsel i Natura 2000-områderne for f.eks. at beskytte ynglefugle mod forstyrrelser i den sårbare yngletid.

Den overordnede målsætning i hver enkelt plan er langsigtet og uden en egentlig tidsgrænse. Det kan i nogle tilfælde tage mange år, før effekten af en indsats viser sig i ændringer af naturtilstanden. I andre tilfælde specielt hvor en indsats er rettet mod en specifik art, kan resultaterne nogle gange komme relativt hurtigt.  Planerne vil blive vurderet på, hvorvidt den nødvendige indsats er iværksat, ligesom det forventes, at overvågningen vil følge og dokumentere udviklingen i naturtilstanden. Det må således også forventes, at det kan tage lang tid, før overordnede områdemålsætninger opnås.

En undersøgelse fra DCE ved Aarhus Universitet har vist, at udbredelsen af en stor andel af de truede rødlistearters overlapper med den geografiske placering af Natura 2000-områderne. Omkring to tredjedele af levestedsarealet af den rødlistede natur, der kendes, findes indenfor Natura 2000-områderne.

Ja der er som udgangspunkt en målsætning for alle arter og naturtyper, der er opført på udpegningsgrundlaget for det pågældende Natura 2000-område. Udpegningsgrundlaget opdateres løbende. For de naturtyper og arter, hvor der foreligger et tilstandssystem, vil tilstandssystemet danne udgangspunkt for målsætningen. For øvrige målsætninger vil detaljeringsgraden afhænge af den konkrete viden. Desuden er der en samlet målsætning for hele området.

Ja, kommunerne vil selv kunne vælge virkemiddel, forudsat at virkemidlet forventes at kunne opnå den forudsatte virkning.

Kommunerne har ansvaret for deres eget myndighedsområde. Staten følger op, hvor en statslig myndighed har kompetencen. Det vil sige, at kommunerne har ansvaret i de kystnære områder (havne, feriecentre o.l.), mens staten er ansvarlig for fx jagt- og forstyrrelsesfrihed, fiskeriregulering på havet og tilladelser til udnyttelse af marine råstoffer. 

Der er i planlægningen gjort et stort arbejde for i samarbejde med kommunerne at udvikle planlægningsværktøjer, der spiller sammen med den kommunale planlægning. 

Hvis der ikke kan indgås en aftale med ejeren om den nødvendige drift, har kommunerne og Naturstyrelsen en mulighed for at give en lodsejer et påbud. Der er hjemmel i naturbeskyttelsesloven til undtagelsesvist at ekspropriere.

Natura 2000-områderne har en særlig natur, der gør dem til habitat- og fuglebeskyttelsesområder, men de repræsenterer samtidig de største og mest sårbare danske naturområder. Samlet udgør de 8 % af landarealet – som Fyn med omliggende øer - og 18 % af havarealet. 

Læs mere om Natura 2000-områderne

Virkemidler

Indsatsen for at beskytte Natura 2000-områderne bygger på den grundlæggende beskyttelse, som allerede er fastsat i lovgivningen. Men Natura 2000-planerne kan sætte ind med målrettede indsatser, der bygger ovenpå. Det kan ske på konkrete arealer, hvor der udover de grundlæggende virkemidler kan være behov for at sikre, og eventuelt forbedre den natur og de levesteder, som arealet rummer.

Målrettede virkemidler kan være:

Se eksempler på, hvordan Natura 2000-planerne virker

Derfor skal vi have Natura 2000-planer

Den danske natur er udsat for mange påvirkninger, og der skal gøres en indsats for at forhindre tilgroning, dræning, næringsstofpåvirkning og opsplitning af naturområderne.

Natura 2000-planen er en samlet planlægning for en væsentlig del af den danske natur.

Natura 2000-planen omfatter alt fra små, isolerede naturarealer til store arealer med heder, moser og skove. De dækker fra eremitter og guldsmede over trækfugle, kongeørne til oddere og sæler.

Staten formulerer med Natura 2000-planen et mål og en tidsramme for indsatsen i hvert enkelt Natura 2000-område. Planen er bindende for myndighederne og danner grundlag for myndigheders og offentlige ejeres indsats.
Der er sikret finansiering af planerne, ikke mindst med midler fra EU’s landdistriktsprogram.

Natura 2000-planerne sætter en stopper for tilbagegangen i den danske natur. De 246 planer omfatter alle såkaldte Natura 2000-områder - det vil sige særlig natur, der udgør habitat- og fuglebeskyttelsesområder. Planerne giver opskriften på, hvordan naturen kan blive bedre i det enkelte område. Planerne dækker et område, der svarer til Fyn med omliggende øer.

Se eksempler på 11 planer fra hele landet

I husdyrbrugloven (LBK nr 520 af 01/05/2019: Bekendtgørelse af lov om husdyrbrug og anvendelse af gødning m.v.) og tilhørende bekendtgørelser er der etableret et grundlag for kommunernes behandling af ansøgninger om etablering og udvidelse af husdyrproduktioner, der skal vurderes i forhold til udpegningsgrundlaget i Natura 2000-områderne. Lovens beskyttelsesniveau for deposition af ammoniak medvirker til at sænke ammoniakbelastningen på de habitatnaturtyper, der er særligt sårbare over for ammoniakdeposition. Planen skal derfor ikke håndtere denne påvirkning. 

I Natura 2000-områder kræver bestemte former for driftsændringer og andre aktiviteter en forudgående anmeldelse til enten kommunen eller Naturstyrelsen, selvom de ikke normalt kræver tilladelse eller lignende. Efter skovlovens § 17 skal ejere anmelde en række særlige aktiviteter på skovbevoksede, fredskovspligtige arealer til Naturstyrelsen, se skovlovens bilag 1. Efter naturbeskyttelseslovens § 19 b skal ejere anmelde en række driftsændringer eller aktiviteter uden for skovbevoksede, fredskovspligtige arealer til kommunerne, se naturbeskyttelseslovens bilag 2.

Nej, planerne ændrer ikke ved myndighedernes ansvarsfordeling, dvs. regler om, hvem der skal give dispensation, tilladelse m.m., gælder uændret.

Baggrundsdata er gennemgået i basisanalyserne. Her findes også information om naturtype- og levestedskortlægning og naturtilstand for tilstandsvurderede naturtyper og arter samt relevante referencer. Kortlægning kan ses på MiljøGIS. Her findes også data om placeringen af habitat- og fuglebeskyttelsesområder, fredskov, naturområder beskyttet efter naturbeskyttelseslovens § 3 samt fredninger og anden beskyttet natur.

Basisanalysen udgør en sammenstilling af ensartede, landsdækkende data indsamlet i det statslige overvågningsprogram NOVANA, hvorpå planen er udarbejdet. Basisanalysen ligger til grund for Natura 2000-planens mål for naturtilstanden og rummer også henvisninger til de referencer, den bygger på. Der findes en basisanalyse for hvert Natura 2000-område. Basisanalysen indeholder blandt andet en beskrivelse af det pågældende Natura 2000-område og dets udpegningsgrundlag, foreløbig trusselvurdering og eksisterende forvaltningstiltag mv. Se bestemmelser vedr. basisanalysen i miljømålsloven s § 39 og 40.

Flere dyre- og plantearter er omfattet både af habitatdirektivets beskyttelsesbestemmelser om bevaring af levesteder for arter i Natura 2000-områder (bilag II-arter) og af en specifik beskyttelse af visse arter (bilag IV-arter), eksempelvis arter som odder og stor vandsalamander. I Natura 2000-områder hvor arter, der både er opført på habitatdirektivets bilag II og IV, er på udpegningsgrundlaget, vil områdebeskyttelsen normalt også opfylde de krav, som direktivet stiller til beskyttelse af bilag IV-arterne. I de tilfælde, hvor bilag IV-arter ikke indgår i udpegningsgrundlaget, kan hensynene til bilag IV-arter og udpegningsgrundlaget i Natura 2000-området som regel kombineres eller varetages sideløbende.

Danmark er på land opdelt i henholdsvis den atlantiske og den kontinentale biogeografiske region. Et overordnet mål i habitatdirektivet er at sikre eller genoprette gunstig bevaringsstatus for Natura 2000-områdernes udpegningsgrundlag på biogeografisk niveau, dvs. samlet set i forhold til de udpegede områder i henholdsvis den danske atlantiske region og den danske kontinentale region, jf. bekendtgørelse 653 af 19. maj 2020 om klassificering og fastsættelse af mål for naturtilstanden i internationale naturbeskyttelsesområder § 3, stk. 2 med senere ændringer. På havet er Danmark opdelt i en atlantisk og baltisk marin biogeografisk region.

En ændring af en vedtaget Natura 2000-plans målsætninger fx som følge af nye data kan kun ske i forbindelse med den efterfølgende planperiode, da der ikke i lovgivningen er hjemmel til en revision indenfor planperioden. En ændring af indsatsprogrammet kan ske i planperioden efter de regler, der er fastsat herom, dvs. efter en offentlig høring på 12 uger, jf. miljømålsloven § 46, stk. 2 . Ændringer i indsatsprogram, som ikke er væsentlige, kan foretages uden høring og offentliggøres efter vedtagelsen, jf. lovens § 46, stk. 3. I den konkrete sagsbehandling træffes afgørelser på baggrund af den til enhver tid bedste faglige viden, hvilket ikke nødvendigvis er basisanalysen, da denne efter reglerne kun opdateres hvert 6. år.

Naturbeskyttelseslovens § 3 beskytter vandhuller og søer over 100 m² mod tilstandsændringer. Beskyttelsen er umiddelbar og forudsætter hverken, at områderne er registrerede, eller at ejerne har modtaget underretning. Der må ikke – uden forudgående dispensation – foretages ændringer i tilstanden af de beskyttede områder. Udsætning af ænder og fodring af disse i § 3-beskyttede områder vil kræve dispensation fra naturbeskyttelseslovens § 3, som kun kan gives, hvis det ikke er i strid med habitatreglerne. Tilskudsfodring foretages for at fastholde et øget antal ænder ved søen og vil som oftest, uanset om det sker i eller ved siden af søen medføre, at der udledes næringsstoffer i

I medfør af jagt- og vildtforvaltningsloven må der maksimalt udsættes 1 ælling pr. 150 m² eller 1 voksen and pr. 300 m² ubevokset vandoverflade. I forbindelse med tilstandsændringer som fx oprensning og udvidelse af søer afgjort med dispensation, kan kommunen stille vilkår om, at fodring og udsætning af fugle ikke er tilladt.

Hvis fodring med væsentlig negativ konsekvens for natur har foregået gennem lang tid, må myndigheden vurdere, om fodringen er til hinder for at realisere planen og søge at indgå en aftale med lodsejeren for at løse problemet, om nødvendigt pålægge lodsejeren at ophøre eller reducere fordringen.

Dansk lovgivning indeholder regler, som hjælper med at sikre sårbare arter mod forstyrrelser i Natura 2000-områder. Det gælder især det omfattende netværk af reservater samt en række generelle regler, som reducerer forstyrrelser i naturen.

Som opfølgning på den første Natura 2000-plan 2010-2015 har Naturstyrelsen på baggrund af en rapport fra Aarhus Universitet ved DCE vurderet trusler fra forstyrrelser i Natura 2000-områderne DCE rapport nr. 52. Der er endvidere sat undersøgelser i gang for at vurdere, om der kan være behov for en yderligere indsats i forhold til dykænder, der er særligt sårbare i den tid, de fælder fjer.

Hvis der derudover opstår behov for en indsats overfor aktiviteter, har forskellige myndigheder ansvaret afhængigt af situationen. Eksempler på myndighedsansvar:

Kommunerne (på statsejede arealer Naturstyrelsen) kan bestemme, at de steder, hvor offentligheden efter naturbeskyttelsesloven normalt kan færdes frit (strande, skove, veje og stier mm.), helt eller delvist kan lukkes for offentlighedens adgang, jf. naturbeskyttelseslovens § 27, stk. 1. Reglerne har bl.a. været anvendt for at beskytte havørne mod forstyrrelser omkring deres reder.

Kommunerne kan regulere færdsel langs offentlige vandløb og søer, jf. vandløbslovens § 4, stk. 3. Miljøministeren kan oprette nye eller revidere eksisterende natur- eller vildtreservater, jf. jagt- og vildtforvaltningslovens § 33 og naturbeskyttelseslovens § 51. Der er i dag store natur- eller vildtreservater i mange Natura 2000-områder fx i Vadehavet og Roskilde fjord. Naturstyrelsen kan - efter anmodning fra vedkommende kommunalbestyrelser – helt eller delvis forbyde ikke-erhvervsmæssig sejlads og anden færdsel på søterritoriet og på vandløb og søer, jf. naturbeskyttelseslovens § 29. Der er f.eks. regler for kanosejlads på Gudenåen og Susåen. Sejlads med vandscootere i Natura 2000-områder er forbudt.

Trafikstyrelsen er myndighed vedrørende evt. begrænsninger i flyvning over naturområder. Der er i 2012 fastlagt reviderede regler om, at civil luftfart skal holde en vis afstand (højde), når der overflyves naturområder med arter, som er sårbare overfor for forstyrrelser - den såkaldte BL 7-15.

EU's direktiv om beskyttelse af vilde fugle, fuglebeskyttelsesdirektivet, danner grundlag for udpegning af fuglebeskyttelsesområder, der sammen med habitatområderne udgør Natura 2000-områderne.

Efter bekendtgørelsen om kommunalbestyrelsernes Natura 2000-handleplaner skal de kommunale handleplaner indeholde en redegørelse for gennemførelsen af handleplanen for den forudgående 6 års periode, der gør det muligt at vurdere, i hvilket omfang Natura 2000-planen for den forudgående periode er realiseret.

Miljøstyrelsen har udsendt en vejledning til kommunerne om de kommunale indsatser, som ønskes beskrevet i redegørelsen og ønsker til eventuelle afleveringsformater, så data kan sammenlignes med øvrige oplysninger om den gennemførte indsats.

Naturtypernes og arternes bevaringsstatus er defineret som alle de forhold, der indvirker på naturtypen eller arten og som på lang sigt kan påvirke eller få indflydelse på arternes udbredelse, talrighed og overlevelse. Det følger af habitatdirektivet og habitatbekendtgørelse. En naturtypes bevaringsstatus anses for gunstig, når:

• det naturlige udbredelsesområde og de arealer, det dækker inden for dette område, er stabile eller i udbredelse, og
• den særlige struktur og de særlige funktioner, der er nødvendige for dets opretholdelse på lang sigt, er til stede og sandsynligvis fortsat vil være det i en overskuelig fremtid, samt når
• bevaringsstatus for de arter, der er typiske for den pågældende naturtype, er gunstig

En arts bevaringsstatus anses for gunstig når:

• data vedrørende bestandsudviklingen af den pågældende art viser, at arten på lang sigt vil opretholde sig selv som en levedygtig bestanddel af dens naturlige levesteder, og
• artens naturlige udbredelsesområde hverken er i tilbagegang, eller der er sandsynlighed for, at det inden en overskuelig fremtid vil blive mindsket, og
• der er og sandsynligvis fortsat vil være et tilstrækkeligt stort levested til på lang sigt at bevare dens bestande. 

EU's direktiv om bevaring af naturtyper samt vilde dyr og planter, habitatdirektivet, kan findes på EU Kommissionens hjemmeside. Direktivet danner grundlag for udpegning af habitatområder, der sammen med fuglebeskyttelsesområderne udgør Natura 2000-områderne.

Natura 2000-planen indeholder et indsatsprogram, der er bindende for myndighederne. Indsatsprogrammet vedrører den konkrete planperiode, der som udgangspunkt strækker sig over 6 år, dog 12 år for skovbevoksede arealer med fredskovspligt. 

Kommunalbestyrelser og øvrige myndigheder er ved udøvelse af beføjelser i medfør af lovgivningen bundet af den vedtagne Natura 2000-plan, jf. miljømålslovens § 48. 

Kommunalbestyrelsen skal sikre gennemførslen af en vedtaget handleplan jf. miljømålslovens § 46a, stk. 4 og iværksætte de foranstaltninger, som fremgår af handleplanen jf. naturbeskyttelseslovens § 19 a. Handleplanen skal ikke omfatte offentligt ejede arealer, hvis der for disse foreligger en drifts- og plejeplan, som lever op til Natura 2000-planens mål jf. miljømålslovens § 46a, stk.3. Ligeledes er de statslige myndigheder både direkte forpligtede af direktiverne og af Natura 2000-planen og er ansvarlig for at følge op på grundlag af den statslige Natura 2000-plan. Det betyder, at kommunen er ansvarlig for gennemførsel af den del af Natura 2000-planen, som inden for kommunens ressort nærmere fastlægges i den kommunale handleplan.

Ja, det forventes, at gennemførslen af Natura 2000-planer helt overvejende sker ved frivillige aftaler og støtteordninger. Tilskud efter landdistriktsprogrammet vil kompensere for omkostninger i forbindelse med de faktiske anlægsudgifter samt yde støtte til arealdriften. I det omfang der gennemføres projekter, som forringer værdien af arealer i omdrift, er der mulighed for at kompensere lodsejeren for tab, og det gælder uanset om projekterne er gennemført efter landdistriktsordningen eller med naturforvaltningsmidler og eventuelt suppleret med tilskud fra EU’s Life ordning.

Alle ansøgninger om tilladelser, godkendelser, dispensationer m.v., skal vurderes for, om det ansøgte kan påvirke et Natura 2000-område væsentligt. Hvis en væsentlig påvirkning ikke kan udelukkes, skal myndighederne sikre sig, at der udarbejde en grundig vurdering af konsekvenserne for arter og naturtyper i Natura 2000-området. Der kan gives tilladelse m.v., hvis det kan udelukkes, at det ansøgte vil skade de arter og naturtyper, området er udpeget for at beskytte. Det er et lovbundet krav, som for en stor del af den relevante lovgivning fremgår af habitatbekendtgørelsen. Der er tilsvarende regler i flere sektorministeriers lovgivning. Der er udarbejdet en vejledning til støtte for sagsbehandlingen (habitatvejledningen). Natura 2000-planens målsætning angiver ”retningen” for konsekvensvurderingen. Udover at der ikke må ske skade på arter og naturtyper, må nye projekter heller ikke forringe mulighederne for at opnå målsætningen.

I målsætningen for det enkelte Natura 2000-område er der i Natura 2000-planen prioriteret i tilfælde af eventuelle modstridende naturinteresser mellem naturtyper og/eller arter, som området er udpeget for at beskytte. I målbekendtgørelsen er fastsat krav til hvordan modstridende naturinteresser håndteres.  

Natura 2000-planlægningen ændrer ikke på myndighedernes administrative ansvarsfordeling. Dvs. det er kommunernes ansvar på kommunalt og privatejede arealer, bortset fra skovbevoksede arealer med fredskovspligt, hvor Naturstyrelsen er myndighed. Naturstyrelsen og andre statslige myndigheder har ansvaret inden for deres ressort og på deres egne arealer. Driftsplaner eller forvaltningsplaner for offentlige arealer kan træde i stedet for handleplaner og skal være i overensstemmelse med Natura 2000-planens målsætninger.  Natura 2000-planlægningen tilsidesætter ikke afgørelser efter anden lovgivning.

I Natura 2000-planen er fastsat mål i form af en helt overordnet målsætning for det enkelte område samt konkrete målsætninger for enkelte naturtyper og arter på udpegningsgrundlaget. Målene er langsigtede og bindende for myndighederne, og er i Natura 2000-planerne kun ændret, hvis der er kommet nye arter eller naturtyper til i det enkelte område, eller der er samlet ny viden. Der fastsættes som udgangspunkt konkrete målsætninger ud fra et udarbejdet tilstandsvurderingssystem. For naturtyper og arter uden tilstandsvurdering fastsættes midlertidige mål med krav om at bidrage til gunstig bevaringsstatus på biogeografisk niveau eller for fuglene en stabil eller positiv bestandsudvikling.

Naturstyrelsen har udarbejdet retningslinjer for at fastsætte målsætninger for fugle (s e vejledning i notat nederst i dokumentet). Der er tilstandssystemer for 16 ynglefuglearter herunder engfugle, kolonirugende kystfugle, mose- og rørskovsfugle (målbekendtgørelsen). Tilstandssystemet er et værktøj til vurdering af tilstanden i de kortlagte levesteder i Natura 2000-områderne. Levestedet vurderes efter fem tilstandsklasser fra dårlig til høj tilstand med udgangspunkt i relevante forvaltningsmæssige parametre.

For målsætninger for muslingespisende marine dykænder i seks udvalgte fuglebeskyttelsesområder er der udarbejdet et særskilt notat af DCE ved Aarhus Universitet, der ligger til grund for vurderingen af forekomsterne. Læs notatet her .

Enkelte naturtyper eller levesteder for Natura 2000-arter er ikke beskyttet af generelle naturbeskyttelsesregler, f.eks. naturbeskyttelseslovens § 3, men beskyttes via en anmeldelsesordning. Det gælder fx skovnaturtyper, vedvarende græsarealer i fuglebeskyttelsesområder og naturtypeforekomster, der er mindre end naturbeskyttelseslovens størrelseskrav. Enkelte naturtyper eller levesteder for Natura 2000-arter, f.eks. boblerev på havet eller levesteder udenfor generel beskyttet natur fx hedehøgens ynglested i en kornmark er heller ikke beskyttede af generelle naturbeskyttelsesregler. Denne natur kan beskyttes gennem konkrete aftaler eller gennem andre regler som fx vildtreservater og fiskeriregulering.

Natura 2000-områderne er udpeget med habitatbekendtgørelsen samt beskyttelse af visse arter, og miljø- og fødevareministeren skal udarbejde en Natura 2000-plan for disse områder, jf. miljømålsloven s § 37. Natura 2000-områderne består af habitat- eller fuglebeskyttelsesområder eller begge dele med hvert deres specifikke udpegningsgrundlag. Se udpegningsgrundlag for de specifikke fuglebeskyttelsesområder eller udpegningsgrundlag for habitatområder .

Medlemsstaterne er ifølge habitatdirektivets artikel 11 forpligtet til at overvåge bevaringsstatus af naturtyper og arter. Danmark har i forbindelse med det nationale program for overvågning af vandmiljø og natur (NOVANA) siden 2004 foretaget en systematisk overvågning af naturtyper og arter omfattet af habitat- og fuglebeskyttelsesdirektivet. 

Natura 2000-planerne for perioden 2010-2015 var gældende, indtil den nye planer trådte i kraft i april 2016. Indsatsen i Natura 2000-planerne 2010-15 videreføres. Hvis igangsatte projekter for planperioden 2010-15 ikke i sin helhed er gennemført, når de kommunale handleplaner for 2. planperiode træder i kraft, forudsættes dette at ske i 2. planperiode, med mindre den udestående indsats vil være i strid med 2016-21-planerne. Det skal ses i lyset af den kortere 1. planperiode, idet planerne for 2010-15 blev vedtaget med to års forsinkelse ultimo 2011.

Danmark afrapporterer til EU vedr. gennemførelsen af habitat- og fuglebeskyttelsesdirektiverne og baseret på overvågningen i det nationale overvågningsprogram NOVANA. Ifølge habitatdirektivets artikel 17 skal afrapporteringen foretages hvert sjette år og foregår per biogeografisk region af relevante danske arter og naturtypers bevaringsstatus på direktivets bilag. Den sidste rapport efter habitatdirektivet blev fremsendt i 2019 (rapportering efter habitatdirektivet i 2019). En omfattende afrapportering af danske yngle- og vinterfugle blev ligeledes med baggrund i Fuglebeskyttelsesdirektivets artikel 12 blev fremsendt til EU Kommissionen i 2019 (rapportering efter fuglebeskyttelsesdirektivet i 2019). De næste EU rapporteringer er i 2025. 

Miljøstyrelsen er myndighed for udarbejdelse af en Natura 2000-skovplan og handleplaner for de skovbevoksede, fredskovspligtige arealer og naturtyper omfattet af skovlovens § 28. Kommunerne er myndighed for udarbejdelse af handleplaner for øvrige skovarealer, herunder skovbevoksede arealer uden fredskovspligt. Natura 2000-planlægningen for skovbevoksede arealer med fredskovspligt er 12 år.

Reglerne om strategisk miljøvurdering (SMV) fremgår af loven om miljøvurdering af planer og programmer læs mere om miljøvurderinger . Der er foretaget en strategisk miljøvurdering af de statslige Natura 2000-planer. Efter lovens § 3, stk. 2, gælder, at hvis planer og programmer alene indeholder mindre ændringer, skal der kun gennemføres en miljøvurdering, hvis planen på grundlag af kriterierne i lovens bilag 2 må antages at kunne få en væsentlig påvirkning på miljøet. De statslige Natura 2000-planer er baseret på mål- og rammestyringsprincippet. Den konkrete indsats inden for de enkelte Natura 2000-områder fastsættes derfor i den efterfølgende kommunale planlægning samt de statslige drift- og plejeplaner. De kommunale handleplaner og statslige handleplaner er derfor omfattet af lov om miljøvurdering af planer og programmer, hvis myndigheden vurderer, at handleplanen f.eks. fastlægger rammerne for fremtidige anlægstilladelser.

Der er fastsat regler for vurdering af naturtilstand i Natura 2000-områderne via et tilstandssystem bestående af fem klasser, jf. målbekendtgørelsen. De naturtyper og levesteder for arter, der er vurderet efter tilstandssystemet, fremgår i bilag til bekendtgørelsen.

Naturplanlægningen tager udgangspunkt i det enkelte Natura 2000-områdes udpegningsgrundlag. Natura 2000-områderne består af et eller flere habitat- og/eller fuglebeskyttelsesområder, der hver især har deres eget udpegningsgrundlag.  Uanset et område er privat eller statsejet er udpegningsgrundlaget gældende. Udpegningsgrundlaget opdateres som hovedregel hvert sjette år. Udpegningsgrundlaget er baseret på udvalgte beskyttelseskrævende naturtyper og arter angivet i Habitat- og Fuglebeskyttelsesdirektiverne.

Vandplanlægningen forventes som udgangspunkt at sikre, den eksisterende naturtilstand og stop for eventuel tilbagegang for så vidt angår vandløb, større søer og kystnære områder. Behovet for indsats i øvrigt vurderes på grundlag af forpligtigelserne efter hvert direktiv. Der kan være andre vandrelaterede krav i Natura 2000-planlægningen, som alene indgår her. Det gælder f.eks. vedr. forbedret hydrologi for terrestriske naturtyper, plejebehov for små søer, sikring mod forstyrrelse af vandlevende arter mv. og disse indgår så i Natura 2000-planens indsatsprogram.