I Danmark opdateres Natura 2000-områdernes udpegningsgrundlag hvert 6. år, forud for den kommende planperiode. Det er således udpegningsgrundlag for de enkelte habitat- og fuglebeskyttelsesområder der opdateres. Udpegningsgrundlagene blev senest opdateret i 2012, og den aktuelle opdatering sker på baggrund af ny data om forekomsterne af arter og naturtyper i de enkelte habitat- og fuglebeskyttelsesområder, indsamlet i det nationale overvågningsprogram NOVANA. Opdateringen sker fordi naturen er dynamisk, hvor nogle arter f.eks. indvandrer til nye områder, mens andre forsvinder.
Udpegningsgrundlaget opdateres jævnligt for at leve op til direktivet og miljømålsloven, og Danmark er forpligtiget til at sætte arter på et områdes udpegningsgrundlag, hvis der er tale om en væsentlig forekomst. Det er ligeledes vigtigt for udarbejdelse af konsekvensvurderinger i konkrete sager, i relation til Natura 2000 områderne, at udpegningsgrundlagene er opdaterede. Habitatvurderinger skal gennemføres ud fra det gældende udpegningsgrundlag (fra 2013) og det reviderede udpegningsgrundlag indtil Kommissionen har accepteret det reviderede udpegningsgrundlag (udpegningsgrundlaget er pt. i forslag og kan findes område for område i seneste Natura 2000-basisanalyse).
Miljøstyrelsen har udarbejdet et forslag til et opdateret udpegningsgrundlag for de danske habitat- og fuglebeskyttelsesområder. Forslag til ændringer i de enkelte udpegningsgrundlag har været i offentlig høring fra 17. oktober 2019 til 15. november 2019. Der er indkommet 306 høringssvar, og disse er pt. under behandling.
Denne opdatering af udpegningsgrundlag omfatter ikke ændringerne i forbindelse med den grænsejustering af habitat- og fuglebeskyttelsesområderne, der blev gennemført med udgangen af 2018. I grænsejusteringen blev der bl.a. oprettet nogle nye områder og foretaget justeringer i geografien af eksisterende områder. Udpegningsgrundlaget skal også opdateres i forhold til grænsejusteringen, men det forventes først at ske i 2020.
På baggrund af den offentlige høring udarbejder Miljøstyrelsen et endeligt udpegningsgrundlag gældende for alle habitat- og fuglebeskyttelsesområder, herunder endelige kriterier. Det vil blive offentliggjort på Miljøstyrelsens hjemmeside.