Hyferne er kun 7-10 µ brede og sporerne 8-15 µ i diameter. De er dermed ikke synlige for det blotte øje, men kan ses i mikroskop. Det er dog ikke muligt med sikkerhed at artsbestemme krebsepest ud fra hyferne alene, da hyferne fra mange arter i gruppen Oomycota ligner hinanden. Sikker diagnose kræver dyrkning af svampen i laboratorie. En ny og meget hurtigere måde at bestemme om en krebs er inficeret med krebsepest er ved at udtage vævsprøver fra krebsens skal og søge efter pestsvampens DNA ved en såkaldt PCR-metode.
Der er visse synlige tegn på infektion med krebsepest, som kan observeres hos nogle individer, men mangel på disse tegn giver på ingen måde sikkerhed for, at krebsepest ikke er til stede. Hos nogle signalkrebs kan man se tydelige afgrænsede mørke indkapslede (melaniserede) pletter på rygskjold, lemmer eller bug. Hos flodkrebs ses disse tegn ikke så tydeligt, da arten mangler evnen til at indkapsle smitten. Derimod kan der nogle gange observeres ændret adfærd hos smittede flodkrebs. De kan blive mere aktive om dagen, går oprejst (tåspidsgang) og usikkert. Disse tegn skyldes, at pestsvampen har angrebet flodkrebsens nervesystem. Efterfølgende massedød blandt flodkrebs er et supplerende tegn.
Det er sjældent muligt at påvise pestsvampen hos døde krebs. Efter en krebs er død, udkonkurreres pestsvampen hurtigt af bakterier og andre svampe.