Stenbideren søger i det tidlige forår ind på lavt vand for at gyde, og når de første stenbidere fanges i net- og bundgarn, er det et forårstegn for kystfiskerne.
Stenbiderne danner par og finder hurtigt et egnet sted på bunden til gydningen. Hunnen, der kan kendes på den voluminøse krop og den blågrønne farve, kan rumme op til 200.000 æg med en diameter på ca. 2 mm - det er store æg, når vi sammenligner med andre havfisk. Æggene er rødlige efter gydningen, men ændrer efter kort tid farve til turkisgrønlig, samme farve som de unge fisk har i deres første leveår.
Hannen vogter æggene til de klækker, mens hunnen forlader gydestedet kort efter gydningen. Æggene klækker efter 2 måneder, og først da forlader hannen området, godt træt efter en travl tid, hvor han nidkært har bevogtet æggene. Stenbiderhannen er som hovedregel mindre end hunnen, og i parringstiden har han en imponerende rødlig bug.