Sidst på foråret samler flagermus-hunnerne sig i kolonier. Flagermusene føder deres unger i ynglekolonierne.
Ynglekolonierne er ofte hule træer eller andre beskyttede og lune steder. Flagermus er ikke menneskesky, og huse - ofte moderne huse med udhæng - er også et yndet ynglested. Den øgede aktivitet og de hyppige flyvninger til og fra ungerne gør, at det ofte er om sommeren husejere opdager, de har ubudne gæster.
Naturstyrelsens vildkonsulenter modtager hver sommer mange henvendelser fra utrygge borgere, der ønsker at komme af med flagermus. Alle falgermus i Danmark er fredede, og på grund af ungerne kan de ikke fjernes, når de har unger.
Flagermusene vælger ofte at bo i huse på grund af deres beliggenhed nær områder med rigelig føde og på grund af husenes særlige muligheder som dagopholdssted.
Udover lidt svineri ned ad ydermur eller vinduer dér, hvor dyrene flyer ind og ud, gør flagermus sjældent skade, der hvor de bor i huse. De gnaver ikke i isolation eller træværk, sådan som mus og rotter gør. De kan "putte" sig lidt i isolationen, men ellers opholder de sig blot i allerede eksisterende hulrum. Der kan dog være problemer med lugt, væggelus og brune skjolder, alt efter husets kontruktion og koloniernes placering.
Man bør derfor acceptere at have flagermusene boende og glæde sig over at have naturen tæt på, nøjagtigt som man kan glæde sig over fuglene i haven. I august - september opløses ynglekolonierne, hvorefter flagermusne som regel forlader huset.