I nogle tilfælde indeholder materialet, som skal klappes, forhøjede koncentrationer af miljøfarlige stoffer som for eksempel tungmetaller eller tributyltin (TBT). Tungmetallerne forekommer ofte i forhøjede koncentrationer, hvor der er eller har været spildevandsudledninger.
TBT blev før i tiden brugt i bundmaling på skibe for at undgå begroning. Stoffet er svært nedbrydeligt, og selv om det har været under udfasning i mange år og totalt forbudt siden 2008, findes det stadig ophobet i havbunden nogle steder, hvor der har ligget mange skibe i de år, hvor TBT-maling var almindelig.
Hvis det vurderes, at klapmaterialet kan være forurenet, skal der tages prøver til kemisk analyse for at kunne vurdere, om materialet er egnet til klapning eller ej. I tilfælde, hvor koncentrationerne er for høje (dvs. over øvre aktionsniveau), er det ikke muligt at klappe materialet, og så skal i det stedet bortskaffes på land. Dette kræver en tilladelse fra kommunen.
Af mulige forureningskilder kan nævnes:
- Industrier, herunder værfter og beddinger, hvor der udføres overfladebehandling af skibe og lystbåde.
- Mange anløb af skibe og lystbåde.
- Katodisk beskyttelse af kajkonstruktioner.
- Tab af gods og andet med et muligt indhold af toksiske stoffer, sprøjtemidler, malingsrester og olieholdige materialer.
- Udledninger eller udsivninger fra kystnære depoter.
- Åmundinger.
- Spildevandsudledninger, såvel udløb fra rensningsanlæg som af overfladevand fra befæstede arealer.
- Sedimentationsområder, der påvirkes af de ovennævnte kilder.
Ud over den kemiske analyse kan ansøgeren også pålægges at få foretaget en analyse af materialets fysiske egenskaber som lugt, farve, tørstof, glødetab, massefylde og kornstørrelse.