Byg og Miljø foretager automatisk en konfliktsøgning efter forhold, regler og begrænsninger, der gælder for de matrikler, ansøgningen omfatter. Sammen med ansøgningen får myndigheden en konfliktrapport over de konfliktsøgninger, der er med i ansøgningstypen, og en liste med de steder, hvor der er konflikt. Konfliktrapporten er det eneste dokument, der udelukkende vises for sagsbehandleren, idet myndigheden skal have sikkerhed for, hvilke bestemmelser og forhold der er undersøgt. Ansøgeren ser udelukkende de bestemmelser og forhold, der kan have indflydelse på sagen, dvs. hvor der faktisk er fundet noget.
Konfliktsøgning under miljøansøgninger i Byg og Miljø er magen til systemet for byggeansøgninger, og søgningen er baseret på samme konflikttyper. Konflikttyper er eksempelvis lokalplaner, fredede områder, byzoner og beskyttede vandløb.