Et BREF-dokuments opbygning
De færdige BREF-dokumenter er meget omfattende rapporter, typisk på flere hundrede sider og på engelsk. Selve BAT-konklusionerne med de tilhørende grænseværdier bliver oversat til dansk i de såkaldte gennemførelses-retsakter. De gengives også i BREF-dokumenterne.

BREF-dokumenterne opbygges efter den samme skabelon, men de enkelte kapitler kan have en varierende opbygning i underkapitler, alt efter hvad der er mest hensigtsmæssigt for netop den branche. Som udgangspunkt indeholder et BREF-dokument nedenstående hovedkapitler:
Resumé
Hovedkonklusionerne fra hvert kapitel præsenteres i et resumé af BREF-dokumentet. Resuméet oversættes til alle de officielle sprog.
Forord
Standardforordet til BREF-dokumenterne beskriver kort relevante lovkrav i IE-direktivet og præsenterer en definition af BAT. Desuden beskrives formålet med BREF-dokumentet, og der gives en vejledning i, hvordan dokumentet skal forstås og benyttes.
Generel information om branchen
Her beskrives faktuelle oplysninger om branchen, fx i form af oplysninger om antal virksomheder, størrelser, geografiske placeringer, produktionskapacitet, økonomi, etc. Desuden beskrives de væsentligste miljøforhold for branchen.
Anvendte processer og teknikker
Kapitlet beskriver kort de processer og teknikker, der i dag anvendes i branchen. Kapitlet beskriver bl.a. forskellige typer af produkter og produktionsprocesser, typiske råvareforbrug, etc.
Aktuelle emissions- og forbrugsniveauer
Her præsenteres den eksisterende viden om aktuelle emissionsniveauer og forbrug af råvarer og hjælpestoffer inden for de enkelte hoved- og delprocesser. Kapitlet vil i det omfang, data er tilgængelige, beskrive forbruget af energi, vand og råvarer. Desuden beskrives så vidt muligt luftemissioner, lugt, støj, spildevand og affald.
Teknikker som skal overvejes ved fastlæggelse af BAT
Kapitlet omfatter et katalog over forskellige emissionsbegrænsende foranstaltninger og renere teknologier, som kan være relevante i forbindelse med fastlæggelsen af BAT for branchen. For hver enkelt teknik behandles emner som driftsforhold, miljøgevinst, cross- mediaforhold, anvendelighed, økonomi, drivkræfter for implementering, referenceanlæg og – litteratur, etc.
BAT-konklusioner for branchen
I kapitlet konkluderes, hvad der kan betragtes som BAT for branchen. Det er vigtigt at bemærke, at BREF-dokumentet indeholder bindende emissionsgrænseværdier, som kan opnås ved anvendelsen af BAT. BAT-konklusionerne oversættes til de nationale sprog og udgives som gennemførelses-retsakter.
Fremtidige teknikker
Her præsenteres eventuelle lovende teknikker m.m., som er under udvikling og i fremtiden kan komme på tale som BAT. De enkelte teknikkers effektivitet, cost benefit og tidshorisont i forhold til eventuel kommerciel drift bliver også nævnt.
Konkluderende bemærkninger
Konklusioner og anbefalinger her i kapitlet vedrører den tidsmæssige afpasning af arbejdet, informationskilder, tilgængelighed af data, konsensus blandt eksperter i den tekniske arbejdsgruppe, TWG (Technical Working Group) og anbefalinger til det fremtidige arbejde.
Bilag
BREF-dokumenterne indeholder forskellige bilag som fx en ordliste, litteraturliste og mere tekniske informationer.