Natura 2000-planer
For hvert Natura 2000-område er der udarbejdet en Natura 2000-plan, der sætter rammerne for en aktiv forvaltning af naturen, der skal skabe såkaldt gunstig bevaringsstatus for arter og naturtyper.
Læs mere om Natura 2000-planer
Miljølovenes administration
En hovedhjørnesten i Natura 2000-beskyttelsen er, at myndighederne i deres administration ikke må gennemføre planer, projekter eller lignende, der kan skade de arter og naturtyper, som områderne er udpeget for at beskytte.
Myndighederne skal vurdere alle planer og projekter, som kan påvirke et Natura 2000-område. Hvis planen eller projektet kan skade området, eller der er tvivl herom, kan planen eller projektet ikke vedtages.
Dette krav fremgår for Miljøministeriets lovgivning (naturbeskyttelsesloven, skovloven m.fl.) af habitatbekendtgørelsen. Andre ministerier, f.eks. Transport- og Energiministeriet og Fødevareministeriet har indføjet tilsvarende krav til tilladelser og planer efter deres lovgivning.
Læs vejledninger, love og bekendtgørelser der regulerer Natura 2000 planlægningen
Særlig anmeldelsesordning
Lodsejere i Natura 2000-områder har pligt til at anmelde en række aktiviteter, inden de sættes i gang. Det gælder bl.a. opdyrkning af vedvarende græs i fuglebeskyttelsesområder, ændring af tilstanden på små naturarealer (under bagatelgrænsen for § 3 natur i naturbeskyttelsesloven), fældning af løvskov m.fl.
Der findes to anmeldeordninger: En for aktiviteter i skov (efter skovloven) og en anden for aktiviteter uden for skov (efter naturbeskyttelsesloven).
Pligt til indgreb
Habitatdirektivet kræver, at medlemslandene skal træffe særlige foranstaltninger for at undgå forringelse af naturtyperne og betydelige forstyrrelser for dyre- og plantearterne. Myndighederne skal om nødvendigt gribe ind over for den slags aktiviteter. Løsningen kan f.eks. være at oprette reservater, der begrænser jagt og færdsel eller at vedtage regler om særlig flyvehøjde over Natura 2000-områder.
Der er i naturbeskyttelsesloven og skovloven indført særlige bestemmelser, som kommunerne eller Naturstyrelsen skal bruge, hvis der ikke er nogen anden mulighed for at afværge forringelser eller forstyrrelser.
Overvågning
Dyr og planter i Natura 2000-områderne overvåges for at følge naturens tilstand og dokumentere, om beskyttelsen virker.
Overvågningen består bl.a. i, at Naturstyrelsen med faste mellemrum registrerer dyr og planter, kortlægger arealet af heder, moser, søer og anden værdifuld natur og måler på væsentlige kemiske stoffer, som kan have en negativ påvirkning af naturen. Ved at sammenligne registreringer foretaget over en årrække, kan man vurdere, hvordan naturen udvikler sig, og om omfanget af fysiske og kemiske påvirkninger har ændret sig. Det giver grundlag for at vurdere, om den nuværende beskyttelse og indsats er nok til at sikre naturen fremover og for at vurdere behovet for eventuelle nye tiltag. Alle indsamlede data offentliggørelse på Danmarks Miljøportal
Det nationale overvågningsprogram for natur og miljø revideres hvert 6. år. Programmet er sidst revideret med virkning fra 2011, og der er lagt særlig vægt på, at overvågningsprogrammet sikrer data, som kan bidrage til administrationen og planlægningen i henhold til vand- og naturdirektiverne.
Læs mere om overvågningsprogrammet
Danmark rapporterer til EU-Kommissionen om naturens tilstand én gang hvert sjette år.